Nel 2003 e 2004 viene pubblicato da Einaudi Clinica dell'abbandono con l'introduzione di Ambrogio Borsani e con uno scritto di Vincenzo Mollica. Il libro è diviso in due sezioni: la prima, Poemi eroici, che comprende versi scritti alla fine degli anni novanta, la seconda, Clinica dell'abbandono, che raccoglie i versi degli ultimi anni. Questo volume riproduce, con alcune aggiunte, il testo del cofanetto con videocassetta Più bella della poesia è stata la mia vita. Nel febbraio del 2004 la Merini viene ricoverata all'Ospedale San Paolo diMilano per problemi di salute. Da tutta Italia vengono inviate e-mail a sostegno di un appello lanciato da un amico della scrittrice che richiede aiuto economico. Sorgono numerosiblog telematici e siti internet nei quali viene richiesto l'intervento del sindaco di Milano Gabriele Albertini. La scrittrice ritorna successivamente nella propria casa di Porta Ticinese. Nel marzo del 2004 esce l'album, intitolato Milva canta Merini, che contiene undici motivi cantati daMilva tratti dalle poesie di Alda Merini, più una traccia cd rom. L'autore delle musiche è Giovanni Nuti. Il 21 marzo, presente la stessa Merini, in occasione del suo settantatreesimo compleanno, viene eseguito un recital al Teatro Strehler di Milano, in occasione della presentazione del disco; il disco venne riproposto poi con successo nello stesso teatro per un ciclo di serate musicali nel maggio 2005, sempre con la presenza della poetessa sul palco. Durante l'estate 2004 molte sono state le iniziative sorte per far conoscere in maniera più diffusa la poesia di Alda Merini. Si cita ad esempio l'incontro che si è tenuto il 21 luglio al Teatro Romano dal titolo Ebrietudine, omaggio ad Alda Merini, sei cantate composte da Federico Gozzelino su poesie di Alda Merini. Nel2005 pubblica con Giovanni Nuti l'album Poema della croce, opera sacra tratta dall'omonimo testo religioso (Frassinelli 2004). Il 13 ottobre 2006 l'opera viene rappresentata nel Duomo di Milanocon Giovanni Nuti voce solista e Alda Merini recitante nel ruolo di Maria. Insieme con Nuti porta in scena il Poema della croce altre 16 volte in tutta Italia. Nel 2007 esce l'album Rasoi di seta, che contiene ventuno poesie-canzoni musicate e interpretate da Nuti, tra cui nove poesie inedite e otto brani con la voce recitante della poetessa. Alla fine del 2005 esce per Crocetti Editore Nel cerchio di un pensiero (teatro per voce sola) raccolta nata dalle dettature telefoniche di Alda Merini a Marco Campedelli. Vengono riportate 53 poesie, quasi tutte inedite e curate nella edizione da Roberto Fattore, Luca Bragaja, lo stesso Marco Campedelli e Massimo Natale. Per sottolineare la natura orale eorfica dei componimenti è stato scelto di non inserire segni di interpunzione tra e nei versi. Del 2005 è anche la raccolta Le briglie d'oro. Poesie per Marina 1984-2004, edita daScheiwiller. Nel 2006 si avvicina al genere noir con La nera novella, edita da Rizzoli. Del 2008 è la pubblicazione del libro in prosa sotto forma epistolare intitolato Lettere al dottor G edito da Frassinelli, a cura di Arnoldo Mosca Mondadori. Muore il 1º novembre 2009 a causa di un tumore osseo (sarcoma) all'Ospedale San Paolo di Milano. Dopo l'allestimento della camera ardente, aperta il 2 e il 3 del mese, i funerali di stato sono stati celebrati nel pomeriggio del 4 novembre nel Duomo di Milano. Nel 2010 esce postumo l’album Una piccola ape furibonda – Giovanni Nuti canta Alda Merini, contenente undici brani (otto poesie inedite) e una "traccia fantasma" con Alda Merini che canta con Giovanni Nuti Prima di venire. Nel marzo 2010 il Comune di Milano appone una targa sul muro dell'abitazione della poetessa sui Navigli. Nel 2013 è omaggiata da Norman Zoia (con lei a Milano nel 1990 alla sesta rassegna internazionale di poesia) a pagina 19 di passi perversi: Nobile grazia di Venere e coraggio di Madre / dolcezza dell'umano genere / diangelo di stile".