Sono questi gli anni in cui la produzione aforistica della Merini diventa molto ricca, come testimonia nel 1997 "Il Catalogo Generale delle Edizioni Pulcinoelefante", edito da Scheiwiller. I minitesti di Alda Merini risultano essere più di cinquecento. Nel 1999 in Aforismi e magie, pubblicato da Rizzoli, viene raccolto per la prima volta il meglio di quel genere. Il volume viene illustrato dai disegni di Alberto Casiraghi, amico, poeta ed editore della Merini che ha sollecitato, raccolto e accompagnato con i suoi piccoli libri "Pulcinoelefante", questa nuova vocazione. È questo il periodo in cui viene insignita del titolo di vincitrice honorarii causa del Concorso Nazionale Garzanti. La collaborazione con i piccoli editori - che comprendono, oltre Pulcinoelefante, lo Zanetto, La Vita Felice, il Melangolo e altri - ha portato ad altri"minitesti" come, tra gli ultimi pubblicati, Lettera ai figli, edito da Michelangelo Camilliti per l'edizione Lietocollelibri e illustrato da otto disegni onirici e surreali di Alberto Casiraghi. Da ricordare il volume edito da l'Incisione, Alda Merini, che contiene poesie inedite della poetessa e disegni dell'artista Aligi Sassu, opere stampate su torchio in litografia e serigrafia.

Nel 2000 esce nell'edizione Einaudi Superba è la notte, un volume che è il risultato di un lavoro minuzioso compiuto su numerose poesie inviate all'editore Einaudi e ad Ambrogio Borsani. I versi che compongono la raccolta sono stati scritti nel periodo che va dal 1996 al 1999. Non essendo stato possibile dare al materiale un ordine cronologico i curatori si sono basati sull'omogeneità tematica e stilistica complessiva dell'opera. Per l'editore Gabriele Mazzotta, insieme con Alberto Fiz, cura il catalogo della mostra di Giovanni Bonaldidal titolo Il peso non dorme. Sempre in questo anno le edizioni Il dodecaedro di Leonardo di Milano pubblicano una poesia inedita di Alda Merini con una incisione di Bonaldi dal titolo Splenduisti et vocasti. Tra il 2001 e il 2002 viene pubblicato in quaranta esemplari, dalle edizioni Lo Sciamano, un ulteriore libro d’artista dal titolo Amore di carta che raccoglie cinque incisioni di Giovanni Bonaldi e nove poesie inedite di Alda Merini. Nel 2001 posa seminuda per la copertina dell'album Canto di Spine del complesso degli Altera, nel quale sono messe in musica composizioni sue e di altri poeti e poetesse del Novecento. Nel 2002 viene stampato dall'editore Salani un volumetto dal titolo Folle, folle, folle d'amore per te, con un pensiero di Roberto Vecchioni (che nel 1999 aveva scritto Canzone per Alda Merini) e nel 2003 la Einaudi Stile Libero pubblica un cofanetto con videocassetta e testo dal titolo Più bella della poesia è stata la mia vita. Nel mese di giugno, presso la Galleria ArsMedia di Bergamo vengono presentati gli ultimi lavori dell’artista serinese Bonaldi Giovanni; la mostra, introdotta da Alda Merini, è accompagnata da un catalogo curato da Sara Fontana. Nel 2003, a seguito dell'inaugurazione delle opere d'arte realizzate da Bonaldi Giovanni per la Cappella dell'Oratorio della Parrocchia di Mozzo, viene presentato il catalogo delle opere dal titolo L’ospitalità dell’Arca edito da Silvana Editoriale con contributi del Card. Gianfranco Ravasi, mons. Carlo Chenis, Rav Giuseppe Laras, mons. Pierangelo Sequeri, Silvia Gervasoni, la stessa Alda Merini e Franco Bonilauri.